Bioinformática: Valgenetics crea herramientas que abren caminos a la ingeniería agronómica
Una de las prioridades del COIAL es transmitir a la sociedad que nuestra profesión está en constante transformación y que contribuye a desarrollar nuevos campos de trabajo en diferentes ámbitos. De la mano de Valgenetics, uno de nuestros partners, os traemos un ejemplo que ilustra perfectamente esta tendencia: la bioinformática.
Hemos hablado mucho sobre la monitorización de cultivos, tanto en campos de cultivo como en invernaderos, mediante sensores que miden infinidad de variables y cámaras que registran gran cantidad de información. Y de la capacidad informática necesaria para recopilar, clasificar e interpretar todos los datos que se obtienen.
Más de 15.000 folios de Word para el genoma de un hongo
Algo parecido hace la bioinformática. Se trata de una herramienta capaz de procesar una gran cantidad de datos de fitopatología y genética vegetal. “En biotecnología, hay ciertos análisis que están basados en la secuenciación del genoma de las plantas o microorganismos. Para poder disponer de ese genoma es necesario analizar una cantidad de datos muy grande”, explica nuestro compañero Juanjo Rodríguez, responsable comercial de Valgenetics, que ilustra esta afirmación con un ejemplo: “La secuencia del genoma de un hongo o bacteria ocupa más de 15.000 folios en Word con combinaciones de las letras G, T, C y A”.
Uno de las aplicaciones de la bioinformática es el campo de los microoganismos: “Si tienes dos hongos o dos bacterias y has hecho la secuenciación del genoma de los dos, sabes si son iguales o distintos y las zonas en las que se han registrado diferencias. Esto es muy importante a nivel práctico, porque cada vez más empresas se dedican a formular bioestimulantes. Si yo registro un microorganismo, y otra persona registra otro, es importante diferenciarse”, prosigue Rodríguez. Una vez establecidas las diferencias genéticas entre dos microorganismos, Valgenetics está en condiciones de diseñar una PCR que permite controlar la trazabilidad de ese microorganismo para saber si tiene presencia o no en un producto bioestimulante. O si hay presencia de un microorganismo que se está usando y no se debería usar.
Evaluar el efecto de los bioestimulantes en las plantas
La bioinformática también se utiliza para conocer el modo de acción de un producto fertilizante en las plantas. “Nos contratan empresas de fertilizantes que te piden que evalúes y estudies qué efecto tiene un bioestimulante que están diseñando para aplicar, por poner un ejemplo, en una variedad de tomate con estrés hídrico. Entonces montamos un cultivo en invernadero donde se recrean diferentes condiciones: con o sin estrés hídrico, con y sin aplicación del producto, con diferentes índices de humedad…”, relata el responsable comercial de Valgenetics. Una vez recogidos todos los datos, se lleva a cabo un estudio para testar cómo interactúa el producto en la planta. “Se practican análisis fisiológicos, se miden parámetros como el contenido de clorofila y otros aspectos que indican si la planta está estresada o no. También se realizan otros tipos de análisis para estudiar qué rutas metabólicas se activan o son más predominantes debido a la acción de ese producto”. Pero no acaban ahí los análisis. Según Rodríguez, “también se hacen análisis transcriptómicos para determinar qué genes se sobreexpresan y saber así cómo articular una respuesta que activa unas rutas metabólicas. La bioinformática te ayuda a tener una visión global de todo este trabajo”.
Con toda esa información se puede determinar los genes que generan resistencia a una enfermedad concreta o que están vinculados a que la planta pueda ser resistente al estrés hídrico y tenga más capacidad de cultivarse en ambientes de sequía.
Copyright para variedades con licencia
Otra de las aplicaciones de la bioinfomática es la secuenciación del genoma de una nueva variedad para poder compararla con otras. Rodríguez explica que antes de poner una nueva variedad en el mercado, “las empresas que la lanzan quieren conocer su genoma para diferenciarla de las demás variedades. Entonces diseñamos una PCR que tenga la capacidad de diferenciar una variedad de las otras”.
Este servicio sirve a las empresas para proteger sus patentes: “Si hay un agricultor del cual se sospecha que está cultivando una variedad de la cual no ha comprado royalties, se puede determinar si el cultivo está en regla con una PCR. También se puede hacer análisis en supermercados, para asegurarse de que la variedad de cítricos que se está vendiendo es la que corresponde y no otra”, concluye Rodríguez.